Автономная некоммерческая организация «Мемориальный центр истории политических репрессий «Пермь-36» (АНО «Пермь-36») была учреждена в 2001 году Международным правозащитным, историко-просветительским и благотворительным обществом «Мемориал», Пермским отделением общества Мемориал, Администрацией Пермского края и Пермской городской общественной благотворительной организацией «Мемориальный музей истории политических репрессий и тоталитаризма «Пермь-36» для обеспечения функционирования и развития мемориального музейного комплекса на базе бывшего политлагеря «Пермь-36»; организации активной просветительской и образовательной деятельности; распространения концепций открытого, гражданского общества, правового, демократического государства; преодоления тоталитарных стереотипов и утверждения прав личности в политической практике и общественной жизни. Предшественниками АНО «Пермь-36» были Общество с ограниченной ответственностью (ООО) «Мемориальный комплекс истории политических репрессий и тоталитаризма «Пермь-36» и Пермская городской общественная благотворительная организация (ПГОБО) «Мемориальный музей истории политических репрессий и тоталитаризма «Пермь-36».