За двадцать лет существования Мемориального музея истории политических репрессий «Пермь-36» было разработано и создано свыше двадцати экспозиций, стационарных и передвижных выставок. Уже при открытии музея в 1995 году в бараке особого режима экспонировалась первая выставка — «Диссидентское движение в СССР и Пермские политлагеря», а затем в этом же бараке экспозиция «Узники барака особого режима».

Огромную роль в создании экспозиций и выставок, выработке собственной экспозиционной стилистики и экспозиционно-выставочной программы музея сыграл главный художник Государственного литературного музея РФ, заслуженный дизайнер России Юрий Решетников. С дизайнером Мемориального центра Олегом Трушниковым  они разработали, спроектировали и построили выставки, с большим успехом экспонировавшиеся не только в музее, но и в других городах страны, в том числе в Москве, в Государственном центральном музее современной истории России (бывшем Музее Революции), и за рубежом.

Практически все выставки, созданные Мемориальным центром истории политических репрессий «Пермь-36», хранились в музее и были захвачены в 2014 году властями Пермского края. Нынешняя судьба этих выставок неизвестна.