Сергей Ковалев, правозащитник, бывший заключенный лагеря «Пермь-36», первый уполномоченный по правам человека РФ, член Правления АНО «Пермь-36», в 2014 году, в разгар репрессий против музея писал своим единомышленникам:

«Им очень нужен абсолютно подконтрольный, надёжно цензурируемый музей, с тем же названием, и, лучше всего, при участии кого-то из тех же, прочно связанных с ним, негосударственных, лиц. Всё тут прозрачно… Так вот вам заботливо подправленный специалистами, объективный, деполитизированный музей. Кстати, согласованный с его общественным активом, который и в дальнейшем будет сотрудничать с заботливым, и обладающим ресурсами, государственным управлением… Должен признать, эта преображение у них уже в кармане. Ну, может, пока ещё без маленькой детали — согласования с общественностью. Попробуют выдавить…»

Все члены Правления Автономной некоммерческой организации «Мемориальный центр истории политических репрессий «Пермь-36» и многие члены его Совета изначально разделяли вышеприведенное мнение Сергея Ковалева, но вынуждены были раз за разом соглашаться на переговоры с властями для того, чтобы те не могли заявить – «мы предлагали, а они сами отказались». Все раунды переговоров начинались по инициативе властей, и власти всегда отказывались выполнять решения, принятые в ходе долгих и трудных переговоров.

Понимая абсолютную невозможность дальнейшего выполнения определенных Уставом Мемориального центра целей, которые «реализуются через мемориальный музейный комплекс на базе бывшего политлагеря «Пермь-36», Правление АНО «Пермь-36» 22 февраля 2015 года приняло решение о самоликвидации организации.

Это решение было исполнено лишь 10 августа 2016 г., так как Министерство культуры Пермского края и созданное им государственное учреждение, захватившее музей, инициировали в адрес Мемориального центра целый ряд неправомерных судебных исков, от которых пришлось отбиваться около двух лет.

В истории одного лагеря и истории музея этого лагеря началась новая, новейшая история, превращающая трагедию в фарс, казус, курьез и анекдот.

В настоящее время Мемориальный центр истории политических репрессий «Пермь-36» существует в качестве независимой неформальной ассоциации и в качестве таковой остается членом Европейской сети Международной коалиции музеев совести.