Первую программу Мемориальный музей «Пермь-36» разработал вскоре после своего официального открытия. Уже после первых экскурсий для старшеклассников стало понятно, что даже лучшие учащиеся лучших школ крайне мало знают о государственном терроре, политических репрессиях и ГУЛАГе. Поэтому музей разработал серию специальных экскурсий для школьников и начал практиковать систематические выезды сотрудников музея в школы края, которые трансформировались в дальнейшем в постоянно действовавшую службу передвижных выставок.

В 1999 году в музее был оборудован демонстрационно-выставочный зал, в котором проводились учебные занятия для школьников и методические семинары для учителей по программе «Уроки истории в музее ГУЛАГа». Первоначально разработанный музеем методологический семинар по истории России в ХХ в. проходил на базе Пермского областного института повышения квалификации работников образования, а после того как музею удалось оборудовать в своих помещениях учебные аудитории и комнаты временного проживания для слушателей, непосредственно в музее. В это же время в музее начала работу Школа музеологии и циклы семинаров по истории для преподавателей гуманитарных дисциплин, выросшие в Школу историков.

На более массовую аудиторию музея были ориентированы такие проекты, как Гражданские чтения памяти В.П. Астафьева, Международный гражданский форум «Пилорама», «Мировая классика в местах национальной памяти», «Арт-резиденция» и другие.