Проект «Уроки истории в музее ГУЛАГа» начался вскоре после официального открытия музея с выездов научных сотрудников Мемориального центра «Пермь-36» в средние школы, профессионально-технические училища и техникумы городов края с документами и материалами из фондов музея. Новое развитие он получил сначала с созданием службы передвижных выставок, а затем — демонстрационно-выставочного зала.
На следующем этапе музей совместно с Институтом непрерывного образования Пермского национального исследовательского университета разработал программы семинаров для учителей истории, к проведению которых привлекались ведущие специалисты – учителя и историки как Пермского края, так и России, в том числе авторы учебников. Музей установил партнерские отношения с философским факультетом Йенского университета (ФРГ), имевшим большой аналогичный опыт работы со школами, сотрудники и аспиранты факультета регулярно принимали участие в работе семинара.
В дальнейшем музей разрабатывал элективные курсы по отдельным темам отечественной истории, издавал учебные пособия для учащихся и методические рекомендации для учителей.